مرحوم آیت الله کوهستانی در این اواخر عمر بسیار نگران آخرتش بود، با همه زهد و ورع، خود را دست خالی می دید، از این رو هرگاه برخی از شاگردان او از قبیل شهید هاشمی نژاد و دیگر فضلا که از مشهد به حضورشان می رسیدند، می فرمود:« سلام مرا به امام رضا علیه السلام برسانید و بگویید شیخ محمد دارد می آید، ولی دست خالی است. »
فرزندشان می گوید: روزی یکی از علمای منطقه در محضرش حضور داشت وقتی نگرانی ایشان را از سفر آخرت مشاهده نمود به ایشان عرض کرد: شما کارها و وظایفتان را به خوبی انجام دادید و نباید مشکلی داشته باشید. آقا با چهره ای برافروخته در جوابش فرمودند:

« چه می گویی؟ امامی مثل علی علیه السلام وقتی که می خواهد از دنیا برود می گوید، نمی دانم خدا با من چه طور می خواهد معامله کند؟ »

پناهندگی به حضرت رضا(ع)

روزهای آخر حیات که هر لحظه به مرگ نزدیک تر می شد؛ در حالی که ترس تمام وجود او را احاطه کرده بود، فرمودند:
« حتماً مرا به مشهد ببرید من باید پناهنده به حضرت رضا علیه السلام شوم. جنازه مرا ببرید دور ضریح مطهر طواف بدهید من پناهنده به آن حضرت بشوم، آن گاه هر جا خواستید دفن نمایید. »
آقا ما را پذیرفت !
گویا تأکید و سفارش ایشان مبنی بر انتقال جنازه اش به مشهد به خاطر خوابی بود که احساس کرد حضرت رضا علیه السلام او را پذیرفتند، از این رو خود می فرمود:« بر حسب خواب هایی که دیده شد معلوم می شود آقا حضرت رضا علیه السلام ما را پذیرفتند. »
و آن خواب این بود که مشاهده کردند همه حضرات معصومین علیهم السلام در اتاقی نشسته اند و ایشان وارد آن مجلس شد، ولی جایی نیست که ایشان بنشیند؛ در این لحظه حضرت رضا علیه السلام نزد خود جایی را باز نمودند و خطاب به ایشان فرمود:

          « بیا پیش من بنشین. »

دهان شیطان را مشت میزنم !

در روزهای آخر با این که در بستر بیماری بود و دیگر رمقی نداشت، اما همواره در یاد خدا و مشغول ذکر بود. دختر مکرمه شان نقل می کند:
پرسیدم: آقا جان می توانی با دهانت ذکر بگویی؟
فرمود:« خدا لعنت کند شیطان را هر وقت می خواهم ذکر بگویم سرفه ام می گیرد، اما من دهان شیطان را مشت می زنم وهر طور است ذکر خودم را می گویم.

آخرین گفتار

روزها به سرعت سپری می گشت و بیماری آن مرد الهی هم چنان ادامه داشت و پزشکان و بستگان همه در تب و تاب بودند تا آن که روز پنج شنبه ششم ربیع الاول 1392 بر اثر شدت بیماری آقا جان از هوش رفت، ولی با تلاش پزشکان زحمت کش به هوش آمد.
چیزی نگذشت که بار دیگر بی هوش شد و به مدت یک هفته تمام در حال اغما به سر برد و در طول این مدت یکی دو بار بیش تر نتوانست سخن بگوید آن هم به صورت جمله ای کوتاه.
از جمله سخنان گهربار او در واپسین لحظات آن بود که فرمود:« مگر راهی غیر از راه خدا هست؟ »      

عروج ملکوتی

 سرانجام در حدود ساعت یک بعد از نیمه شب جمعه چهاردهم ربیع الاول برابر با هشتم اردیبهشت سال 1351 شمسی در حالی که سکوت سنگینی فضای منزل آن عالم الهی و آسمان خطه شمال را فراگرفته بود قلب مبارکش از تپش باز ایستاد و خورشید فروزانی که هزاران نفر از پرتو روشنایی او بهره می گرفتند غروب کرد و ندای « ارجعی الی ربک » را لبیک گفت و روح بلندش به ملکوت اعلی پرواز نمود و بدین ترتیب خواسته اش که رحلتش شب جمعه باشد، مستجاب گشت و در آن شب غفران و رحمت الهی به لقای محبوب شتافت.

تشییع بی نظیر

طبق وصیت اش آیت الله هاشمی نسب ( داماد ایشان ) پیکر مطهرش را همان شب در حیاط منزل غسل داد. صبح جمعه آیت الله حاج شیخ محمد شاهرودی ـ از علمای برجسته بهشهر ـ بر ایشان نماز خواند.
پس از انتقال جنازه به مشهد صبح فردا یعنی روز پانزدهم ربیع الاول پیکر مطهر آن عالم ربانی با حضور علما و مراجع و طلاب و قشرهای مختلف مردم به سمت حرم منور تشییع شد.
با عنایت حضرت رضا علیه السلام و سفارش آیت الله العظمی میلانی در فرصتی کوتاه بدن پاک آن رادمرد الهی را در بهترین نقطه یعنی دارالسیاده در جوار ملکوتی امام هشتم به خاک سپردند تا برای همیشه در پناه آن امام همام باقی و زنده بماند. 

دادگاه عدل الهی
پس از ارتحال ایشان یکی از شاگردان در خواب می بیند که قیامت برپاشده و آیت الله کوهستانی را جهت محاکمه در دادگاه عدل الهی حاضر ساختند، وقتی از ایشان گزارش زندگی در دنیا را خواستند، معظم له این چنین بیان کرد:
« من در دنیا جوری زندگی کرده ام که امروز هیچ یک از اعضا و جوارحم علیه من شهادت ندهد. »

یادگاران

مرحوم آیت الله کوهستانی در حدود 25 سالگی با دختری از خانواده متدین ازدواج کرد. ثمره این ازدواج مبارک ، هشت فرزند بود که چهار تن از فرزندان ایشان در دوران کودکی و درزمان حیاتشان از دنیا رفتند.
ولی خداوند متعال با عطا کردن چهار فرزند صالح دیگر چراغ زندگی ایشان را روشن نمود. سه تن از آنان دختر بودند ، که همگی آنان را به همسری سه تن از شاگردان شایسته خود درآورد و آخرین فرزند صالح ایشان حجت الاسلام محمد اسماعیل کوهستانی است.

1. آیت الله حاج سید آقا هاشمی نسب:
معظم له در سال 1304 شمسی در قریه کوهستان ( آسیا بسر) از پدری جلیل القدر به نام سید محمد فرزند میرهاشم فرزند سید ذوالفقار و مادری به نام کربلایی زینب هاشمی فرزند ملا یحیی گرجی که از علمای بزرگ وقت به شمار می آمد متولد شد.
ایشان ضمن آن که از شاگردان برجسته آقا جان کوهستانی بود به دامادی ایشان نیز مفتخر گردید و در کنار این نامدار، پاکی، تواضع، وارستگی، بی ریایی و سایر کمالات روحی و اخلاقی را نیز آموخت.

2. مرحوم حجت الاسلام محمد حسن یوسفی بیشه بنه ای هزار جریبی:
فرزند عالم ربانی مرحوم ملا الیاس ، عالمی عامل و زاهدی عابد بود. به دامادی آیت الله کوهستانی مفتخر گردید و در کوهستان در مجاورت بیت معظم له سکنا گزید.

3. آیت الله حاج شیخ محمد فاضل:
فرزند آیت الله نجف علی فاضل استرآبادی فقیهی وارسته و عالمی زاهد است. در سال 1314 ش در نجف اشرف به دنیا آمد قران و فارسی را در نجف فرا گرفت و در سال 1326 به همراه پدر و مادر به ایران آمد و ادبیات را در حوزه بابل گذراند.
در سال 1364 با جدیت و پشت کار حوزه علمیه فیضیه مازندران را راه اندازی کرد و با تلاش مستمر و پی گیر خود تاکنون توانست طلابی فاضل و باتقوا و لایق تربیت نماید.

آیت الله شیخ محمد کوهستانی  فرمودند :

انسان بسیار ضعیف و عاجز است ؛ پس چه خوب است که برای خود وکیل بگیرد و کارها را به او واگذارد . وکیل باید اولا قادر و توانا باشد ؛ ثانیا سرمد و دائم و همیشه بوده و تغییر نکند و عادل و فاضل ، و دیگر صفات حسنی را نیز دارا باشد و این غیر از خدای تبارک و تعالی کسی نیست

از فرازهای برجسته و درخور عنایت در سیره عملی آن عالم عارف، توجه فوق العاده ایشان به مسئله عبادت و نیایش در بارگاه باری تعالی بود.

آیت الله کوهستانی از عارفانی بود که از عمق جانش خدا را شناخته و باور کرده بود و در پرتو این خداباوری همواره به یاد خدا بود، به غیر او توجه نمی کرد و همیشه مشغول ذکر بود.
غفلت نداشت، اهل راز و نیاز و مناجات شبانه بود و با قرآن و دعا به ویژه صحیفه سجادیه انس فراوان داشت. بسیاری از دعاهای مفاتیح و اغلب ادعیه صحیفه را از حفظ داشت و روزها نزدیک غروب برخی از دعاهای صحیفه سجّادیه را زمزمه می کرد.
با زیارت های رسیده از ائمه معصومین علیهم السلام آشنایی داشت و به زیارت جامعه کبیره عشق می ورزید.

از داماد ایشان مرحوم شیخ محمد حسین  یوسفی نقل شده که :

مرحوم آقاجان کوهستانی زیارت جامعه را با صدای دلنشینی می خواند و بسیار می گریست.

از دوران نوجوانی به دعا و زیارت علاقه و توجه داشت.
خود می فرمود:

زمان کودکی و نوجوانی شب ها موقع خواب بعد از خواندن زیارت وارث دو رکعت نماز می خواندم بعد می خوابیدم.

اهتمام به نماز و نافله

نماز در زندگی ایشان جایگاه ویژه ای داشت، بدان حد که بسیاری از احتیاطات ایشان در زندگی اعم از خوراک و پوشاک و غیره ـ که مواردی از آن ها را اشاره می کنیم ـ برای اهتمام به این رکن اساسی دین بوده است.

مرحوم آقا جان  همواره نماز را در اول وقت آن به جای می آورد و با خشوع و خضوع تمام اقامه می کرد و در نماز آن چنان غرق در معبود می شد که از خود بیگانه بود و سکون و آرمش، حضور قلب و خدابینی او در نماز آوازه همگان به ویژه خواص بود.

بر تعقیبات و نوافل مستحب مواظبت تام داشت و عقب نمازها اغلب تعقیبات مشترکه و مختصه را می خواند، از این رو در هر نماز برنامه عبادی شان بیش تر از یک ساعت به طول می انجامید و این روش همیشگی ایشان در نماز بود، حتی در زمستان ها که مسجد گرمای کافی نداشت و برای اکثر مأمورین غیر قابل تحمل بود، برنامه عبادی ایشان تغییر نمی کرد.
 او در عبادت خود بسیار مقاوم و خستگی ناپذیر بود و به نماز عشق می ورزید و از طول قرائت و ذکر رکوع و سجود لذت می برد. 

نمازهای طولانی

آیت الله نصیری از شاگردان برجسته ایشان، می گوید:
به محضرشان عرض کردم نماز شما خیلی طول می کشد، در نتیجه بسیاری از مأمومین از ثواب جماعت باز می مانند خوب است نمازتان را مختصر تر کرده تا شرکت کنندگان نماز جماعت بیش تر گردند و به پاداش و ثواب جماعت برسند. فرمودند:
« خیلی تفاوت ندارد. »

در عین حال استاد خواهش مرا پذیرفت و چند روزی نماز را سریع تر به پایان می رساند. تعداد مأمومین زیادتر شده بود، ولی طولی نکشید که دیدیم تعداد شرکت کننده به حال اول برگشت.
 آقا فرمود:
« آقا سید تقی دیدی چندان تفاوت ندارد بگذارید من به حال خودم باشم.»

ایام ماه مبارک رمضان نیز دعاها و اذکار و نوافل ایشان تغییر نمی کرد، حتی در تابستان که هوا بسیار گرم و روزها بلند بود، از عبادتشان کاسته نمی شد.
نماز مغرب و عشا را قبل از افطار اقامه می فرمود و مشغول تعقیبات می گردید، پس از گذشت حدود یک ساعت از شب عصا زنان به طرف منزل حرکت می کرد و این درست زمانی بود که دیگران حتی خانواده افطاری را خورده بودند و برخی از مؤمنان برای جلسه قرائت قرآن به حسینیه معظم له آمده بودند.

 شب های ماه مبارک رمضان را تا صبح بیدار و اغلب مشغول ذکر ودعا و قرآن بود و یا مطالعه می کرد.
 قریب به نیم ساعت به اذان صبح از خوردن و آشامیدن امساک می کرد.
بیداری شب را با خواب روز جبران می نمود و در ایام مبارک رمضان نیز بیش تر مشغول ذکر و دعا بود و ملاقات های مردمی را کم تر می پذیرفت.

اهتمام ایشان  به عبادت و ذکر به ویژه نماز و روزه به حدی بود که حتی در سال های آخر عمرشان که ضعف جسمانی ناشی از کهولت سن برایشان مستولی شده بود، حاضر نبود از عبادتش کم بگذارد.
در این اواخر که بر اثر بیماری پزشکان اجازه روزه گرفتن به ایشان نمی دادند برای احتیاط در حد مسافت شرعی مسافرت می کرد آن گاه افطار می نمود.
یکی از نوادگان ،  در این باره چنین می گوید:
در روزهای آخر عمر شریفشان گاهی در نماز اشتباه می کرد و ناچار می شد دوباره آن را اعاده کند، از این رو به من می فرمود:
« شما نزد من بنشین و مواظب باش که هر کجا اشتباه کردم مرا راهنمایی کن تا نمازم را درست بخوانم»
 و گاهی از اوقات من جلوتر می ایستادم نماز می خواندم و ایشان مرا همراهی می کرد.

         زندگی بدون نماز ارزش ندارد!

حجت الاسلام محمد علی صادقی از شاگردان فاضل آیت الله کوهستانی می گوید: در این اواخر آقا جان گاهی در نماز اشتباه می کرد، روزی در محضرشان افتخار حضور داشتیم که به همین مناسبت فرمودند:
« این زندگی دیگر به درد نمی خورد، زندگی که من نتوانم نمازم را درست بخوانم دیگر ارزشی ندارد. »

 
لباس نماز

یادگار ارزشمند آن فقیه بزرگوار می گوید:
 از ایشان پرسیدم چرا لباس کرباس را انتخاب کردید؟ فرمود:
« هنگامی که در مشهد اشتغال به تحصیل داشتم در درس آیت الله میرزا محمد کفایی حاضر می شدم.
 در بحث لباس مصلی در فروعات مربوط به لباس مشکوک روایات را که ملاحظه کردم، دیدم نمی توانم با این لباس ها نماز بخوانم.
در آن زمان لبّاده ای فاستونی داشتم و آن را به طلبه ای که قصد ازدواج داشت هدیه کردم و جلیقه ای داشتم که موقع نماز آن را بیرون می آوردم تا این که به مرور زمان مندرس شد و بعد از آن تمام لباس های خود را از کرباس انتخاب کردم. »
ایشان در اوایل هنگام نماز، عبای کرباسی به دوش می انداخت و اگر عبای کرباس نداشت دستمال کرباسی روی شانه می انداخت و نماز می گذارد.
در خرید لباس نیز بسیار دقت می کرد و لباس را از درآمد باغ ملکی خود تهیه می نمود.
 ابتدا خمس لباس را از خود پارچه جدا می کرد و بعد برای دوخت سفارش می داد، در عین این که لباس ساده و کرباسی بود، ولی بسیار نظیف و پاکیزه بود و این همه دقت و احتیاط فقط برای اهمیت نماز بوده است.

نماز اول وقت

آن گاه که صدای ملکوتی اذان در گوش طنین انداز می شد و وقت نماز می رسید، ایشان کارهای خود را تعطیل می کرد و آماده نماز و حضور در درگاه بی نیاز می گشت.
 یکی از شاگردان ایشان می گوید:
روزی با یکی از طلاب مشغول مباحثه بودیم و آقا در حسینیه مشغول تدریس بود، همین که صدای اذان ظهر را شنید کتاب را بست و فرمود:
« بابا جان من دیگر نمی توانم درس بگویم باید بروم نماز. »
 

نماز ایستاده در هنگام بیماری:

مرحوم جعفر دایی خدمتکار ایشان  نقل می کرد:
 ایامی که آقا جان در بیمارستان گرگان تحت عمل جراحی قرار گرفته بود و از نظر پزشکی نباید از جایش حرکت می کرد و برای حالش مناسب نبود، در همان حال به من فرمود که او را نگه دارم تا نمازش را ایستاده بخواند و راضی نمی شد که بر روی تخت بخواند. 

ارزش نماز

روزی به خاطر اختلاف بر سر یکی از مزارع روستای کوهستان نزاع و کش مکش بین دو روستای هم جوار رخ داد، از باب این که حق با اهالی محل بود آقاجان  از آنان جانب داری کرد و معتقد بود مزرعه متعلق به اهالی روستا است.

 این مسئله موجب شد که طرف های درگیر که یکی از متمکنین و زمین داران منطقه بودند، اهانت هایی را درباره آقا روا داشتند و می گفتند آقا از اهالی محل طرفداری می کند.

این نسبت ناروا باعث ناراحتی ایشان  گردیده بود، از این رو در جوابشان فرمود:
« من دو رکعت نماز قبول شده را به تمام دنیای شما نمی دهم، بلکه حتی یک حمد را هم معاوضه نمی کنم. »
این حادثه علاوه بر آن که بیان کننده ارزش نماز نزد عالم الهی است، نشان از این حقیقت دارد که دنیا برای مردان الهی ارزشی ندارد، آن چه برای آنان دارای اهمین می باشد طرفداری از حق و ارزش های اسلامی است.

تهجّد و سحر خیزی

از جمله خصو صیات بارز ایشان اهتمام شدید درانجام نماز شب بود .ایشان از اوان جوانی تا پایان عمر پر برکت خویش اهل تهجّد و شب زنده داری بود و همواره طلاب را به مواظبت آن سفارش میکرد ونماز شب را بهترین عامل توفیق وپیشرفت معنوی می دانست ،از اینرو می فرمودند :

« طلبه ای که نماز شب نخواند ، راضی نیستم در مدرسه بماند »

 
 دعای تذلّل در قنوت نماز شب :

فرزند ایشان می گوید:
در ایام نوجوانی که با مرحوم والد در یک اتاق می خوابیدم، شبی از خواب بیدار شدم، دیدم پدرم در حال قنوت است و با خضوع تمام ذکر « یا رب العالمین» را تکرار می کند، به گونه ای که احساس می نمودم تمام در و دیوار با ایشان مشغول ذکر هستند.
 بعدها از ایشان پرسیدم در نماز شب ذکر « یا رب العالمین» نیست، فرمودند:
در قنوت وتر دعای تذلل امام سجاد علیه السلام را می خوانم و در آخر آن دعا جمله « یا رب العالمین» را به قصد رجا ده بار می گویم. 

عاشق واقعی

یکی از شاگردان ایشان نقل می کند:
روزی در محضر استاد افتخار حضور داشتم، صحبت از لذت و شیرینی عبادت و ارتباط انسان با خدا بود.
آقا جان ضمن بیانات مفید و دل نشین فرمود:
« حال خوش و شیرینی که من در عبادت و ارتباط با معبود بی نیاز دارم به حدی است که اگر حاکم کشوری به من بگوید، آقا شیخ محمد اگر پنجاه سال حکومت بلا معارض کشور را به تو واگذار کنیم، آیا حاضری یک لحظه از حال خوشی که با خدا داری به ما تفویض کنی؟
 خدا گواه است که حاضر نیستم حتی به کمتر از آنی حالات باطنی خود را با چنان قدرت و مکنت معاوضه کنم. »

دیدار و تذکّر امام زمان(ع)

ایشان می فرمود:
« در نجف که بودم روزی در حرم مطهر حضرت امیر علیه السلام مشغول نماز بودم، چون همیشه سعی داشتم نمازم را با آداب کامل و با حضور قلب به جا بیاورم گاه از روی احتیاط نمازم را اعاده می نمودم.
 آن روز نمازم را می خواندم ولی در این اندیشه فرو رفتم که آیا این مقدار احتیاط در نماز لازم است یا نه؟
 این در حالی بود که یکی از وعاظ در حرم بالای منبر مشغول خواندن روضه سیدالشهداء علیه السلام بود و سیدی در مقابل من نشسته و برای مصیبت جدش می گریست.
 به محض خطور آن اندیشه به ذهنم، دیدم که آن سید از جای خود برخاست و به من نزدیک شد و در گوش من گفت: در نماز احتیاط را از دست مده،
 پس از چند لحظه به خود آمدم و از خود پرسیدم، این سید کیست که از اندیشه درونی ام خبر دارد؟
پس از فارغ شدن از نماز به طرف او متوجه شدم، کسی را ندیدم و هر چه در حرم جست و جو کردم وی را نیافتم. از کفشداری سؤال کردم که شخصی با این خصوصیات ندیدید؟ گفتند: خیر!
از این که از درک محضر او محروم شده بودم، بسیار تأسف خوردم. »
گفتنی است طبق نظر معظم له، آن سید جز حضرت ولی عصر علیه السلام شخصی دیگر نبود.

نماز خالصانه

و نیز از معظم له نقل شده است:
« هنگامی که افشار طوس(یکی از عمّال رژیم پهلوی در خراسان) حرم امام رضا علیه السلام را به توپ بسته بود، من در حرم مشغول نماز بودم هیچ نترسیدم و به آن نماز امیدوارم.»

 
 سیره تربیتی

شیوه ایشان در تبیین مسائل اعتقادی و مباحث عمیق خداشناسی استفاده از معارف بلند قرآن و عترت بود.
 شاگردان خود را به استفاده از این منابع عظیم و پربار دعوت می کردند و برای دریافت آن حقایق معنوی و عرفانی آمادگی روحی و دعا و توسل را بسیار مهم می دانستند؛ یعنی معظم له راز و رمز رسیدن به توحید ناب و دست یابی به عرفان حقیقی را طهارت باطن و تزکیه نفس همراه با دعا و تضرع و دست گیری اهل بیت عصمت علیهم السلام می دانست.

 آقا زاده ایشان میفرمایند:

 
 گاه از محضر ایشان، درباره راه ترقی و پیشرفت در امور معنوی و معرفتی سؤال می کردم و از ایشان دستوری می خواستم ایشان فرمود:
 پسر! آن جا که سلطه نیست شمااین قدر اصرار می ورزی، آن ها باید بخواهند، اگر خواستند خودشان مقدمات و زمینه را آماده می کنند.
متأسفانه، این بعد از شخصیت آیت الله کوهستانی بر بسیاری از ارادتمندان او پوشیده ماند و آن گونه که باید و سزاوار بود، از محضر پرفیض آن عارف بصیر استفاده نشد.